ĐBSCL là vùng kinh tế năng động, phát triển, đặc biệt đã và đang hình thành các mô hình HTX để sản xuất hàng hóa, mô hình cánh đồng lớn, cánh đồng liên kết sản xuất lúa, cây ăn quả và nuôi trồng thủy sản ở một số địa phương như An Giang, Đồng Tháp, Cần Thơ… mang lại giá trị và hiệu quả cao. Đến ngày 31/12/2014, tại khu vực ĐBSCL, có 1.928 hợp tác xã (HTX) nông nghiệp đang hoạt động, với 531.299 hộ thành viên. Các HTX tại ĐBSCL tuy có số lượng ít so với các khu vực khác của cả nước nhưng chất lượng, hiệu quả hoạt động của HTX thì tương đối rõ nét. Ban quản trị các HTX tâm huyết, nhiệt tình, dễ thích ứng với sự thay đổi của thị trường, thành viên tham gia sáng lập HTX xuất phát từ nhu cầu tự nhiên, có tinh thần trách nhiệm đổi với HTX.

Tuy nhiên, HTX tại ĐBSCL cũng tồn tại những nguyên nhân dẫn đến tình trạng yếu kém kéo dài, đó là: các nguyên tắc, giá trị của HTX không được hiểu và thực hiện đầy đủ trong một thời gian dài; trình độ, năng lực của đội ngũ lãnh đạo HTX còn yếu; sự hỗ trợ của các tổ chức xúc tiến, của Nhà nước chưa đủ mạnh. Mặt khac, một số HTX khi thành lập chưa hội tụ đủ các điều kiện để hoạt động cả về nhân sự, vốn, cơ sở vật chất; đa số các HTX nhất là HTX nông nghiệp có quy mô nhỏ, phạm vi hoạt động hẹp, thiếu vốn... Tất cả những yếu kém, khó khăn đó làm cho HTX chưa có vị trí, vai trò như tại một số nước khác.